1. Chuyển vụ án trong giai đoạn xét xử
Chuyển vụ án là một biện pháp tố tụng nhằm giải quyết tranh chấp thẩm quyền xét xử giữa các Tòa án với nhau. Điều 274 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 quy định khi vụ án không thuộc thẩm quyền xét xử của mình, thì Tòa án trả hổ sơ cho Viện kiểm sát đã truy tố để vụ án được chuyển đến Viện kiểm sát có thẩm quyền truy tố. Như vậy, nếu như trước đây, khi gặp vụ án không thuộc thẩm quyền thì Tòa án chuyển đến Tòa án có thẩm quyền thụ lý để xét xử, nay Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 quy định mới là vụ án được chuyển đến Viện kiểm sát có thẩm quyền truy tố. Nghĩa là Viện kiểm sát trước đó đã truy tố không đúng thẩm quyền, nay phải được chuyển đến Viện kiểm sát có thẩm quyền truy tố. Quy định này hợp lý hơn, nhằm bảo đảm quyền truy tố và tạo điều kiện cho Viện kiểm sát bảo vệ cáo trạng và chịu trách nhiệm nếu truy tố gây ra oan sai. Điểu đó còn phù hợp với thủ tục, nhiệm vụ giải quyết quyền kháng cáo, kháng nghị.
Khi thấy vụ án vẫn thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án đã trả hồ sơ, thì Viện kiểm sát chuyển lại hồ sơ vụ án đến Tòa án kèm theo văn bản nêu rõ lý do. Ngoài ra, việc chuyển vụ án ra ngoài phạm vi tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương hoặc ngoài phạm vi quân khu được thực hiện theo quy định tại Điều 239 Bộ luật Tố tụng hình sự hiện hành.
2. Giải quyết việc tranh chấp về thẩm quyền xét xử
Giải quyết tranh chấp thẩm quyền xét xử là việc người có thẩm quyền có quyền quyết định Tòa án nào có quyền xét xử vụ án đang có tranh chấp thẩm quyền. Theo quy định, Chánh án Tòa án nhân dân cấp tỉnh, Chánh án Tòa án quân sự cấp quân khu quyết định giải quyết tranh chấp thẩm quyền xét xử giữa Tòa án nhân dân cấp huyện trong cùng một tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Tòa án quân sự khu vực trong cùng một quân khu. Nếu các Tòa án nhân dân cấp huyện không cùng một tỉnh, các Tòa án quân sự thuộc các quân khu khác nhau thì Chánh án Tòa án nhân dân cấp tỉnh, Chánh án Tòa án quân sự cấp quân khu nơi kết thúc việc điều tra quyết định. Nơi kết thúc điều tra là nơi Cơ quan điều tra ra bản kết luận điều tra. Việc giải quyết tranh chấp thẩm quyền xét xử giữa các Tòa án nhân dân cấp tỉnh, giữa các Tòa án quân sự cấp quân khu do Chánh án Tòa án nhân dân tối cao, Chánh án Tòa án quân sự Trung ương quyết định.
Thủ tục cũng đặt ra việc giải quyết tranh chấp thẩm quyền xét xử chung giữa Tòa án nhân dân và Tòa án quân sự do Chánh án Tòa án nhân dân tối cao quyết định. Đây là trường hợp có vướng mắc trong việc giải quyết tranh chấp thẩm quyền xét xử giữa Tòa án nhân dân và Tòa án quân sự, nhưng không giải quyết được, hoặc có vướng mắc.
