Phương pháp nghiên cứu của kinh tế chính trị bao gồm: phương pháp biện chứng duy vật và phương pháp trừu tượng hoá khoa học.
1. Phương pháp biện chứng duy vật
Phương pháp biện chứng duy vật là phương pháp cơ bản của chủ nghĩa Mác – Lênin được sử dụng đối với nhiều môn khoa học. Trong kinh tế chính trị, phương pháp này đòi hỏi: khi xem xét các hiện tượng và quá trình kinh tế phải đặt trong mối liên hệ tác động qua lại lẫn nhau, thường xuyên vận động, phát triển không ngừng, chứ không phải là bất biến. Quá trình phát triển là quá trình tích luỹ những biến đổi về lượng dẫn đến những biến đổi về chất.
Phép biện chứng duy vật coi nguồn gốc của sự phát triển là sự thống nhất và đấu tranh của các mặt đối lập. Phép biện chứng duy vật cũng đòi hỏi khi xem xét các hiện tượng và quá trình kinh tế phải gắn liền với những điều kiện và hoàn cảnh lịch sử cụ thể…
2. Phương pháp trừu tượng hoá khoa học
Đây là phương pháp quan trọng, được sử dụng phổ biến trong nghiên cứu kinh tế chính trị và một số môn khoa học xã hội khác, bởi vì nghiên cứu các khoa học này không thể tiến hành trong các phòng thí nghiệm, không sử dụng được các thiết bị kỹ thuật như kính hiển vi, các thiết bị máy móc như các khoa học tự nhiên và kỹ thuật. Mặt khác, bản thân các hiện tượng và quá trình kinh tế cũng phức tạp, có nhiều nhân tố tác động đến chúng, cho nên sử dụng phương pháp trừu tượng hoá khoa học làm cho việc nghiên cứu trở nên đơn giản hơn, nhanh chóng đi đến kết quả hơn. Trừu tượng hoá khoa học là phương pháp gạt bỏ khỏi quá trình nghiên cứu các hiện tượng được nghiên cứu những cái đơn giản, ngẫu nhiên, tạm thời, hoặc tạm gác lại một số nhân tố nào đó nhằm tách ra những cái điển hình, ổn định, vững chắc, từ đó tìm ra bản chất các hiện tượng và quá trình kinh tế, hình thành các phạm trù và phát hiện ra quy luật phản ánh những bản chất đó.
Ngoài ra, kinh tế chính trị còn sử dụng nhiều phương pháp khác như lôgíc và lịch sử, phân tích và tổng hợp, các phương pháp toán học, thống kê, mô hình hoá các quá trình kinh tế được nghiên cứu, v.v..
